Das Graue Langohr ist in Bayern eine seltene Fledermausart. In den letzten 25 Jahren ist die Anzahl an Tieren, die in den Winterquartieren gezählt werden konnten, rückläufig. Deshalb wird es in der Roten Liste Bayern als stark gefährdet eingestuft.

Ein großes Problem ist die unauffällige, zurückgezogene Lebensweise dieser Fledermausart. Die recht kleinen Kolonien werden oftmals gar nicht bemerkt, so dass bei Gebäudesanierungen keine Rücksicht genommen wird und die Quartiere verloren gehen.